Дивизия сформирована как горнострелковая на Северном Сахалине. Формирование дивизии приказом по ОКДВА было начато 17.08.1938, окончено к 22.08.1938 и происходило на базе СМПО. Первое пополнение прибыло с материка 10.04.1938. В декабре 1939 года в дивизии была создана полковая школа младшего комсостава для формирования полков трехбатальонного состава. Дивизия имела свою газету "За Советскую Родину". В 1938-1941 гг. личный состав дивизии привлекался для строительства различных объектов военного и хозяйственного значения, одним из которых с 1942 стало строительство железной дороги Александровск – Дербинск.
В ходе проведения Южно-Сахалинской наступательной операции вела тяжелые бои по овладению Котонским укрепрайоном. По итогам боев Приказом Верховного Главнокомандующего № 373 от 23.08.1945 личному составу дивизии была объявлена благодарность. 14.09.1945 дивизия была удостоена почетного наименования "Сахалинская". 157-й, 165-й, 179-й стрелковые полки и 284-й артиллерийский полк награждены орденами. 5 человек удостоены звания Героя Советского Союза. 22.02.1968, в связи с 50-летием Советской Армии 79-я Сахалинская мотострелковая дивизия награждена орденом Красного Знамени. В декабре 1995 года дивизия расформирована.
Дивизией командовали:
Макаренко Иван Алексеевич (27.01.1939 - 14.05.1942), комбриг, с 04.06.1940 генерал-майор
Максимов Александр Михайлович (15.05.1942 - 27.06.1942), генерал-майор
Батуров Иван Павлович (27.06.1942 - 03.09.1945), полковник, с 16.10.1943 генерал-майор